Ante tan compleja encrucijada de tensiones políticas, religiosas y culturales en la segunda mitad del siglo XVI, se hace una mayor profundización. Una buena metodología creemos que consiste en la recopilación ordenada de aquellas referencias que nos faciliten un correcto acercamiento al monasterio, al carácter que quiso imprimirle su fundador, Felipe II, al ánimo que impulsó a sus ejecutores o, en definitiva al alma de la que, sin lugar a dudas, está dotado este gran rectángulo pétreo como fruto de su época y de su proceso constructivo.